Las armas principales del apellido, según detalla Fernando González-Doria, son: escudo cuartelado:1º y 4º, en campo de oro, una cruz de gules, 2º y 3º, en campo de gules, un león rampante de oro. Bordura de oro, con ocho aspas de gules. Estas armas se encuentran relacionadas en el «Diccionario heráldico y nobiliario de los reinos de España», en la página 464.
Los Bonilla de Andalucía tienen el escudo partido: 1º, de plata, con una escala de gules; 2º, de azur, con siete roelas de oro.
Encontramos topónimos Bonilla en diferentes tierras de habla hispana, tanto en España como en diferentes paises de América Latina. Los topónimos Bonilla se refieren especialmente a ciudades y pueblos. Los topónimos Bonilla referentes a accidentes geográficos son prácticamente inexistentes. El topónimo más importante es el municipio llamado Bonilla, en la provincia de Cuenca.